Sebastian là con trai của Infante Dom João Manuel, vương tử Bồ Đào Nha (con trai của John III của Bồ Đào Nha) và Joanna, con gái của Hoàng đế Charles V. Cha ông mất trước khi ông được sinh ra, ông trở thành vua khi chỉ mới ba tuổi sau cái chết của ông nội vào năm 1557. Ông được dạy dỗ hầu hết bởi Jesuits, bởi người giám hộ và gia sư Aleixo de Meneses, và Catherine của Áo, Nữ hoàng Bồ Đào Nha, là chị của Charles V và vợ của Vua John III. Một số người đã đánh giá ông sau thất bại của ông, họ cho rằng từ sau những ảnh hưởng này, chủ nghĩa lý tưởng thời trẻ của ông đã sớm biến thành chủ nghĩa cuồng tín tôn giáo, mặc dù ông không bao giờ tham gia Liên minh thần thánh.

Cortes Bồ Đào Nha đã yêu cầu Sebastian nhiều lần về việc đưa quân đến Ma-rốc để ngăn chặn bất ổn do sự hiện diện quân sự ngày càng tăng của Ottoman, họ là mối đe dọa đối với an ninh bờ biển phía nam Bồ Đào Nha và hoạt động thương mại với Guinea Bồ Đào Nha, Thuộc địa Brazil và các quần đảo trong Đại Tây Dương. Nhưng chỉ đến khi Abu Abdallah Mohammed II Saadi tới Bồ Đào Nha và cầu viện Sebastian trong việc giành lại ngai vàng từ người chú của mình thì Sebastian mới quyết định ra quân. Sebastian cảm thấy bị thúc đẩy phục hồi vinh quang bị mất bằng cách can thiệp vào Bắc Phi, nơi đang bị ảnh hưởng bởi bất ổn tại Mazagan vào năm 1562 từ một cuộc bao vây bởi quân Ma-rốc. Theo đó, vào năm 1568, Bồ Đào Nha bắt đầu chuẩn bị can thiệp vào Ma-rốc.

Chính sách này không chỉ được hỗ trợ bởi giai cấp tư sản trọng thương vì lợi lọc thương mại trong khu vực này (chủ yếu là vàng, gia súc, lúa mì và đường), mà còn được hỗ trợ bởi giới quý tộc. Từ trước cho đến thời điểm lúc đó, hoạt động quân sự của Bồ Đào Nha ở Châu Phi luôn giới hạn trong các cuộc thám hiểm nhỏ và các cuộc tấn công quy mô nhỏ; Bồ Đào Nha đã xây dựng đế chế hàng hải rộng lớn từ Brazil đến Đông Ấn bằng sự kết hợp giữa thương mại, thăm dò biển và ưu thế vượt trội về công nghệ, cùng với sự truyền đạo Kitô giáo đến các dân tộc. Sebastian đề xuất thay đổi chiến lược mới.

Năm 1574, Sebastian đến thăm một số căn cứ của Bồ Đào Nha ở Bắc Phi và chỉ huy thành công một cuộc đột kích vào lãnh thổ Hồi giáo bên ngoài thành phố Tangier của Bồ Đào Nha, ông tham gia vào một số cuộc giao tranh nhỏ và một cuộc giao tranh lớn vào ngày 21 tháng 10. Mặc dù thua kém về số lượng nhưng với kỵ binh hạng nặng, ông đã chiến thắng, điều đó thôi thúc ông tham vọng lớn hơn trong việc chống lại nhà cai trị Saadian mới của Ma-rốc. Ông đã hỗ trợ cho Abu Abdallah Mohammed II Saadi, người đang cố gắng trong cuộc nội chiến này để giành lại ngai vàng Ma-rốc từ người chú của ông ta, vị vua mới Abd Al-Malik - được Ottoman hậu thuẫn. Bất chấp lời khuyên nhủ của mẹ và người chú là Philip II của Tây Ban Nha (người đã trở nên rất thận trọng sau trận Djerba), Sebastian quyết tâm thực hiện một chiến dịch quân sự, và ông đã sử dụng phần lớn tài sản hoàng gia để tạo dựng một hạm đội lớn và tập hợp một đội quân bao gồm các binh sĩ thuộc nhiều quốc tịch: 2.000 tình nguyện viên từ Tây Ban Nha (Castile), 3.000 lính đánh thuê từ Flanders và Đức, 600 lính Ý ban đầu được tuyển dụng để hỗ trợ cho một cuộc xâm lược Ireland dưới sự chỉ huy của nhà thám hiểm người Anh, Thomas Stukley. Lực lượng viễn chinh có số lượng 500 tàu, và quân đội có tổng số khoảng 18.000 người, bao gồm nhiều người trong giới quý tộc Bồ Đào Nha.